作为一艘战舰的指挥官，要打赢仗，就要了解如何去指挥自己的战舰。游戏在界面的下方，为指挥官们下达各类命令提供了一系列的快捷键。先是关于移动的命令：第一项，向目标飞去。游戏中战舰在原则上是只能够向着已经探测到的目标移动，这其中包括导航点，虫洞，友军和敌军，以上通过点击右键或按是F2都能做到。

在介绍攻击命令之前，有必要先让大家了解一下《木星事件》中一艘战舰的具体组成部分。战舰的本体就是船体，而所有的武器，发电机组，辅助设备安装在其上；而战舰的防御，则构筑在由超太空合金所制作的船体本身以及通过发生器产生的防御力场，也就是护盾组成。因此，在一般战斗中，常用到的命令共有以下三个：破坏护盾F5，攻击设备F6，攻击船体坏护盾，和一般游戏中的护盾设定不同，在《木星事件》中，一般的攻击对于护盾来说是完全无效的，护盾的能源也不会因为普通武器的不断攻击而损耗。激光都能通过把能量集中到一点而突破护盾的屏蔽直击目标无论你用哪种方法，只要把对方的护盾就轮到攻击船体。

敌舰失去护盾这段时间很短，大概只有十来秒种左右，有没有什么一劳永逸的办法呢？有！把对方的护盾产生器打掉，从根本上消灭护盾，这时，就需要用到F6的攻击设备键。前面已经说过，各类设备装在船壳上的，因此，只要把相应的设备破坏，就能彻底地把舰上的某一项功能废掉。

使用快捷命令的确是很方便，但这通常只适用于一些实力悬殊和局势明朗的时候。当战场状况一复杂起来，或是敌我双方的战力对比相差太大时，要取得胜利，就要忘掉那些快捷命令，学习一下用人手去操作自己的战舰。

手动控制，我们就能够集中火力针对某一设备进行攻击。首先要做的，就是要侦察出敌舰上的设备，足够近的距离、高级的传感器或是扫描仪都能完成这一任务。所有侦察出来的设备都会在画面上方显示出来（要打开右上角的DEVICES按钮），这包括设备名称，所属部分（武器，辅助设备等）以及血槽。